Kot profesor je bil Ferdinand zelo priljubljen med dijaki. Bil je načelen in globoko veren. Mlade je navduševal za krščanske ideale in za ljubezen do domovine. Po vdoru Nemcev in izgonu duhovnikov je skrbel za dušno pastirstvo po mariborskih župnijah. Pri tem delu je bil v nenehni nevarnosti pred gestapom, saj ga je zasledoval. Da bi se izognil aretaciji, se je skrival na različne načine, včasih je prenočil kar na pokopališču ali na cerkvenem podstrešju. Končno je zaprosil za stanovanje pri družini Štupca v Mariboru.
Kmalu po začetku vojne so Nemci začeli streljati ljudi, med njimi je bilo tudi več gimnazijcev. Mnogo dijakov je zbežalo na Pohorje, kjer se je začel odpor proti okupatorju. Nemški teror nad njegovimi dijaki je Ferdinanda zelo pretresel. Zato je začel skrivaj zbirati sanitetni material, zdravila, cigarete in druge potrebščine in je vse to po skrivnih poteh pošiljal na Pohorje, kjer so se dijaki skrivali. To ga je spravljalo v veliko nevarnost.
V
teh težkih časih so verni Slovenci iskali moč in tolažbo v veri. Še prav
posebno so se priporočali božji Materi in svetnikom, še posebno tistim, ki so
bili povezani s slovenskim narodom. Tako so med ljudmi začele krožiti t. i.
Naše litanije, ki so bile krik vernega slovenskega človeka v veliki stiski.
Prof. Antonija Štupca je zapisala: »Nekega dne zvečer prinese prof. Potokar s
strojem popisano polo in reče: ‘To je treba razmnožiti in spraviti med ljudi.
Dobil sem jih od naših jetnikov v Melju.’ Pri tem si je zakril obraz in
zajokal. Bile so litanije, klic do smrti preganjanih Slovencev. Pri nazivih
Matere Marije so bila povsod pristavljena slovenska Marijina božja pota.
Marija
Pomagaj, upanje izgnancev in beguncev, prosi za
nas!
Marija Pomagaj, upanje jetnikov, prosi za nas!
Marija Pomagaj, upanje obupujočih, prosi za nas!
Mati božja, ki te na Brezjah častimo, prosi za nas!
Mati božja, ki te pri Gospe Sveti častimo, prosi za nas!
Mati božja, ki te na Ptujski gori častimo, prosi za nas!
Mati božja, ki te na Svetih Višarjah častimo, prosi za nas!
Mati božja, ki te na Sveti gori častimo, prosi za nas!
Mati trpečih, prosi za nas!
Kraljica Slovencev, prosi za nas!
Te litanije pa so prišle v roke Nemcem, ki so jih imeli za provokacijo, češ da so komunistične in nevarne nemški državi. To je bil povod, da so prof. Potokarja zaprli. Po dobrih dveh mesecih, oktobra 1941, so ga izpustili, a so ga imeli vedno »na očeh«. Kljub temu je prof. Potokar še naprej zbiral razne potrebščine za odpornike na Pohorju.
Oktobra 1942 so Nemci Potokarja ponovno aretirali in ga poslali v zloglasni celjski zapor Stari pisker, ki je veljal za najbolj krutega med nemškimi zapori. Gestapovci so ga strahovito pretepali, tako da je večkrat omedlel, ga polivali z vodo, da so ga spravili k zavesti in ga znova pretepali, hodili po njem z okovanimi škornji, mu zabadali trske za nohte ipd. S pretepanjem so hoteli doseči, da bi izdal imena ljudi, ki so sodelovali z OF ali bili proti okupatorju. Ker tega niso mogli doseči, so ga pretepli do smrti. 5. novembra 1942 je Ferdinand Potokar podlegel krutemu mučenju.
(Vir: Jože Kužnik Kraljica mučencev – Šmarnice za leto 2006)